ClaudeMap

Pymol-Claude-MCP

让 Claude Code 操控实时 PyMOL 会话的 MCP server——拉取结构、构建选择集、调整表示与着色、测量距离。

MCP 服务器mcp-serverpymolstructural-biologyvisualizationresearchxml-rpc
访问项目stavasol96-arch/Pymol-Claude-MCP

把 Claude Code 接到正在运行的 PyMOL 分子可视化会话：封装 PyMOL 内置 XML-RPC 服务（pymol -R，localhost:9123）为三个 MCP 工具——pymol_command 原样执行任何 PyMOL 命令、pymol_script 在 PyMOL 内嵌解释器里跑 Python、pymol_query 直调 XML-RPC 方法做原子数、链列表等只读查询。server 只做传输层——发什么命令或代码由 Claude 决定。

它做什么

  • 三个工具覆盖全部面：pymol_command（原样执行 PyMOL 命令）、pymol_script（在 PyMOL 里跑 Python 循环与 cmd.* 调用）、pymol_query（带返回值的只读查询）
  • 封装 PyMOL 自带的 XML-RPC 服务——不需要 PyMOL 分叉或插件；开源版 PyMOL 即包含
  • 可选自启：把 autostart/pymolrc.py 软链到 ~/.pymolrc.py，每次启动 PyMOL 都静默开启 RPC（端口 9123，可用 PYMOL_RPC_PORT 或 --port 覆盖）
  • Python 3.10+，标准 venv 安装；一条 claude mcp add 注册进 Claude Code

什么时候用

免得反复手敲 fetch/select/color/measure 的结构生物学场景：让 Claude Code 驱动会话、你盯视口——做图、摸新结构、批量跑重复分析。

如何上手

git clone https://github.com/stavasol96-arch/Pymol-Claude-MCP
cd Pymol-Claude-MCP
python3 -m venv venv && source venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt
ln -sf "$(pwd)/autostart/pymolrc.py" ~/.pymolrc.py   # 可选：RPC 自启
claude mcp add pymol $(pwd)/venv/bin/python3 $(pwd)/pymol_server.py

先启动 PyMOL（或 pymol -R）再开 Claude Code，否则 server 连接失败。

注意事项

Claude Code 启动前 PyMOL 必须已带 RPC 运行。受众窄（需要 PyMOL 与结构生物学背景）。review 时仓库尚无 license 文件。

代码仓库

stavasol96-arch/Pymol-Claude-MCP

收录日期

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